水稻引物设计的步骤 请高手能帮忙介绍下水稻设计引物的步骤,过程能够简绍下方法.

来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/11/08 17:42:19

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要先在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 网址查询有关序列,再在Primer Premier 5软件中进行引物设计,主要要注意以下几个方面：
① 引物长度
一般引物长度为18~30碱基.总的说来,决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度.有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度.
在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃
在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃
另外有许多软件也可以对退火温度进行计算,其计算原理会各有不同,因此有时计算出的数值可能会有少量差距.为了优化PCR反应,使用确保退火温度不低于54℃的最短的引物可获得最好的效率和特异性.
② GC含量
一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%,一对引物的GC含量和Tm值应该协调.若是引物存在严重的GC倾向或AT倾向则可以在引物5’端加适量的A、T或G、C尾巴.
③ 退火温度
退火温度需要比解链温度低5℃,如果引物碱基数较少,可以适当提高退火温度,这样可以使PCR的特异性增加；如果碱基数较多,那么可以适当减低退火温度,是DNA双链结合.一对引物的退火温度相差4℃～6℃不会影响PCR的产率,但是理想情况下一对引物的退火温度是一样的,可以在55℃～75℃间变化.
④ 避免扩增模板的二级结构区域及错配
像二级结构、错配等在Primer Premier 5均有判断,最后再加一步同源性分析,避免引物的非特异性扩增.

水稻引物设计的步骤 请高手能帮忙介绍下水稻设计引物的步骤,过程能够简绍下方法. 求设计SSR引物的步骤,设计SSR引物,我想在水稻的日本晴和籼稻某段序列之间设计SSR引物,以找亲本间多态性. 有没有高手会设计引物呢,帮帮忙,急用引物,方便的留下邮箱帮忙设计一下,谢谢谢谢! 求帮忙设计个引物如题,设计引物才刚开始学,哪位大侠能帮忙设计个引物啊,ATGGCCGCACCCCGCCACGGCGCGTTCCACCCCCTGACGGTGGCGGCGGTCGACCGGCTCACCGACGACTCGGTGGCGCTGACCCTGTCGGTGCCCGAGGAGCTGCGCGCCGAGTACCGGCACGCCCCCGGCCAGCACCTGACGCTGCGCC 怎样设计RT PCR引物RT步骤里的OLIG（dt）和PCR步骤里的引物都需要设计吗?怎么设计呢? 请问有谁知道核酸引物和探针PAGE纯化的步骤?各个步骤所用的试剂,时间请帮忙写的仔细点, pp5引物设计用PRIMER自动搜索设计的多对引物中,能不能用一对引物的上游与另一对引物的下游配对 黄颡鱼肿瘤坏死因子的基因兼并引物怎么设计啊?急.我想克隆黄颡鱼的肿瘤坏死基因,但查不到基因序列,怎么设计兼并引物!请高手多多指教! 关于实时定量PCR的问题想做BDNF基因的实时定量PCR,要用SYBR Green法比较不同组BANF的表达情况.设计好基因引物后怎么做?要不要设计内参,如何分析结果?有哪些步骤流程?我是新手啊,请高手指教. cDNA单链合成中用到的引物是自己设计的吗?cDAN双链合成中用到的引物是自己设计的吗?急用,请高手指教cDNAD单链合成中用到的引物与双链合成用到的引物有什么区别? 一段目的基因,帮忙设计引物.ACATGATTACGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGATTGAATGCCATGGTGATGGGAGGTAGTCTGGATGGAGATTGGCAGAAATGTTCAGCAACCTTTGACTGCAGTGAACGGGCTGTACAGGGTTATATGGCACGGTACGCAACCTATGCCCGTCTAGAGCATAATCCTACCTGTGAGGATTTTGCGCGGATACACAACGG 引物的设计原则引物设计原则和具体步骤!原理! PCR的引物怎样设计, rt pcr的引物设计 如何进行引物的设计? 引物设计原则主要的 从细胞总的mRNA中逆转录获取Hint1基因,谁能帮忙设计一下引物,还请问,这个需要内参引物么?先 为什么PCR引物设计中引物可以不从扩增序列两头开始?不从两头开始能得到上下游引物以外的序列吗?